Mozia è un'antica colonia fenicia fondata nell'VIII sec. a.C. su una delle quattro isole della laguna dello Stagnone, l'isola di San Pantaleo (nome datole in periodo alto medievale da monaci basiliani trasferitisi sull'isola).
Il nome di Motya, probabilmente dato dagli stessi Fenici, significherebbe filanda e sarebbe collegato alla presenza di stabilimenti per la lavorazione della lana, qui impiantati. L'isola, come la maggior parte delle altre colonie fenicie, era una stazione commerciale e doveva fungere da punto di attracco per le navi fenicie in rotta nel Mediterraneo.
Sempre nell'VIII sec. inizia la colonizzazione greca, che si concentra soprattutto nella parte orientale della Sicilia, i Fenici ripiegano quindi sulla parte occidentale e Motya accresce la sua importanza divenendo una cittadina.

Nel VI sec. si acuiscono i contrasti tra Greci e Cartaginesi per il predominio sulla Sicilia e Mozia viene coinvolta; si arriva a cingerla di mura che ne permettano una difesa migliore. Nel 397 Dionisio il Vecchio, tiranno di Siracusa, assedia la città e pone fine alla sua esistenza. Gli abitanti si rifugiano sulla terraferma nella colonia di Lilibeo, l'attuale Marsala.
La riscoperta di Motya è legata al nome di Giuseppe Whitaker, un nobile inglese della fine dell'800 la cui famiglia si era stabilita in Sicilia ed aveva avviato un fiorente commercio di esportazione di vino Marsala.

Sull'isola si erge l'abitazione dei Whitaker, oggi trasformata in museo